《名侦探柯南：黑暗组织的终结》
在深入调查的过程中，柯南与小日本警方逐渐揭开了黑暗组织的神秘面纱。然而，随着他们阻止了组织的一系列活动，黑暗组织决定展开报复。黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，并捉住了少年侦探团，只留下信息要求工藤新一独自前往营救。
在黑暗组织的总部，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。哀早已深思熟虑，巧妙地制作出解药和假死丸，并将胖子的毒药换成假死丸。gin在得到解药后命令胖子杀死阿笠及少年侦探团。
然而，柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部。在黑暗总部，组织boss大犬出现，揭示了黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。然而，真正的gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对小日本未来的担忧。大犬立时呆在当场……兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白后gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已……
在紧要关头，柯南用麻醉枪射中了gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy十分欣赏的cris出手阻拦，两人都受了重伤。工藤优作、小五郎和目暮等人赶到现场后，小五郎对组织的小喽罗大打出手，十分英勇。
在众人的围攻下，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家gino的私生子的秘密后自杀。cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。
最终，黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘得一干二净。这场与黑暗组织的较量以正义的胜利告终，但留下的伤痛和记忆将长久地留存于众人的心中。
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